Nagykapos a kelet-szlovákiai síkságon fekszik, az Ung, Latorca és Laborc folyók közt. Az Ung-vidék központja. Alapterülete 29,61 km2, tengerszínt feletti magassága 110 m. Legmagasabb pontja a Janko Kráľ utca, tengerszínt feletti magassága 115 m, legalacsonyabb pontja az egykori téglagyár melletti tó, 100,3 m. A város északi része az Ung folyó hordaléktalajára épült. Délről magába foglalja a Latorca folyó védett területének egy részét, amelynek középpontját 1993-ban nemzetközileg is védett területté nyilvánítottak. Erdejében megtalálhatók a ma már ritkán előforduló értékes növények és állatok.
A várostól 5 km távolságban terül el az Ortó természetvédelmi területe, amely jellegzetes holtága az Ung folyónak. Az Ortót többé-kevésbé minden oldaláról mezőgazdasági terület övezi, elzárva a folyó vízzel való táplálásának lehetőségétől. Élővilága megőrizte az értékes vízi növényeket és állatokat.